Перерождению кромвслевской армии способствовала и война с Шотландией. Установление в Англии индепендентской республики оттолкнуло от нее не только шотландскую аристократию, но и вообще имущие классы Шотландии. Стремясь оградить себя от грозившей из Англии опасности, шотландские пуритане превратились в пламенных приверженцев той самой монархии Стюартов, которой сами же они не столь давно нанесли первый удар. Бежавший в Голландию принц Карл, сын казненного короля, был тотчас же после казни Карла I провозглашен в Эдинбурге королем. Желание вернуть себе «отеческий престол» вынудило Карла обещать сохранение в Шотландии пресвитерианской церкви и распространение пресвитерианства как государственной религии на Англию и Ирландию, подобно тому как за год до этого он согласился на всевозможные уступки ирландским католикам.
Война Английской республики с Шотландией, особенно после прибытия сюда самого Карла, стала неизбежной. Во главе шотландского похода был поставлен снова Кромвель, в основном закончивший уже в первой половине 1650 г. кампанию в Ирландии и возвратившийся в Англию. После длительных маршей и контрмаршей Кромвель 3 сентября 1650 г. вынудил шотландцев вступить в сражение при Денбаре и наголову разбил их. Однако и после этой победы война длилась еще целый год. Только 3 сентября 1651 г. в сражении при Вустере на западе Англии сопротивление шотландцев было окончательно сломлено.
Шотландская политика республики во многом отличалась от ее ирландской политики — тем более, что шотландские горы меньше разжигали ненасытные аппетиты английских колонизаторов, чем плодородные равнины «Зеленого острова». Хотя в Шотландии не было массовых убийств и конфискаций земель, все же и здесь установился режим национального гнета.