В то время как индепенденты-«гранды» и пресвитериане заигрывали с королем, последний готовил новую гражданскую войну. Его надежда на конечную победу в условиях раздоров и распрей в лагере парламента как будто оправдывалась. На его сторону перешли шотландские пресвитериане. Страх перед самостоятельным выступлением народных низов все более сближал и английских пресвитериан с кавалерами.
Наличие роялистского заговора стало очевидным, когда король бежал из парламентского плена на остров Уайт, где он надеялся склонить на свою сторону коменданта замка Кэрисбрук. Опасаясь засилья пресвитериан, индепенденты-«гранды» заняли по отношению к королю враждебную позицию.
В связи с угрозой нового мятежа кавалеров снова устанавливается временный союз индепендентов и левеллеров. На совещании руководителей армии в Виндзоре в апреле 1648 г. было принято с участием «агитаторов» историческое решение: «Карл Стюарт, человек, запятнанный кровью, должен быть призван к ответу за пролитую им кровь и за тягчайшие преступления против дела божьего и этой бедной нации». Судьба короля была решена. Он был официально признан преступником. Этого уже давно требовали левеллеры.
Весной 1648 г. началась вторая гражданская война. Военные действия развернулись в трех изолированных районах: на Юго-Востоке, на Западе (включая Уэльс) и на Севере. Подавив мятеж пресвитериан на Юго-Востоке и мятеж реакционного джентри на Западе, парламентская армия, возглавленная Кромвелем, двинулась на Север против шотландцев, выступивших теперь на стороне короля. В то время как 20-тысячная шотландская армия Гамильтона двигалась через Ланкашир на юг, Кромвель повернул на запад и неожиданно появился на ее фланге. Имея под ружьем лишь 8,6 тыс. человек, он 17 августа 1648 г. атаковал под прикрытием густого тумана с фланга колонну шотландцев, растянувшуюся на марше от Уигана до Престона. Поражение шотландцев было катастрофическим. Десять тысяч попало в плен, остальные бежали на Север. К концу августа вторая гражданская война фактически закончилась. Бесславный для роялистов конец ее свидетельствовал, насколько решительно народные массы отвернулись от монархии.
Несмотря на это, пресвитерианский парламент с большой поспешностью возобновил переговоры с королем, требуя от него лишь незначительных уступок: передачи милиции под контроль парламента на три года и установления пресвитерианского строя церкви впредь до созыва общенационального церковного Синода. Но сделке пресвитериан с королем помешало возобновившееся сотрудничество левеллеров и индепендентов. 2 декабря парламентская армия снова вступила в столицу. Одновременно ее посланцы захватили короля и перевезли его с острова Уайт в уединенный замок на скале Херст. 6 декабря 1648 г., после того как отряд драгун под начальством полковника Прайда занял вход в парламент, была произведена чистка палаты общин от пресвитериан. Около 150 депутатов было изгнано из парламента, часть их заключена в тюрьму. Теперь индепенденты получили в парламенте большинство.
23 декабря 1648 г. парламент принял постановление о суде над королем, а 4 января 1649 г. провозгласил себя носителем верховной власти в стране. Англия превратилась в республику. Назначенный парламентом Верховный суд в составе 135 человек — членов парламента, юристов, военных и др. — после сильных колебаний и под прямым давлением революционной армии вынес королю смертный приговор. 30 января 1649 г. Карл I Стюарт при огромном стечении народа был казнен на площади перед королевским дворцом Уайтхолл.
Так «исключительно благодаря вмешательству... йоменри и плебейского элемента городов борьба была доведена до последнего решительного конца и Карл I угодил на эшафот» (Ф. Энгельс, Развитие социализма от утопии к науке, К. Маркс, Ф. Энгельс, Избранные произведения, т. II, стр. 95.).