Соседняя с Англией Шотландия в XVI в. была самостоятельным королевством, занимавшим северную часть острова. Она делилась на две области — на Северную, или Горную, Шотландию и Южную, или Долинную, Шотландию. Горная Шотландия была самой отсталой областью королевства; в ней господствовали феодально-патриархальные отношения; её жители занимались скотоводством и охотой и жили ещё родовыми общинами — кланами. Во главе кланов стояли вожди, которые жестоко эксплуатировали крестьян, взимая с них различные поборы, главным образом в натуральном виде. В XVI в. в этой области товарное производство развивалось ещё медленно, городов было мало. Южная Шотландия развивалась быстрее, её жители наряду со скотоводством занимались и земледелием, а товарное производство в ней сделало большие, чем на севере, успехи. В ней имелось много городов, оживлённо торговавших с Англией, Нидерландами и Францией, куда вывозились кожи и шкуры, мясо, сало и масло, лососина, шерсть и шерстяные ткани. Особенно быстро развивались связи Южной Шотландии с экономически более развитой Англией; многие англичане переселялись в шотландские города и долины.
Шотландская деревня была очень бедной. Большинство крестьян Южной Шотландии являлось краткосрочными держателями земли у феодалов, которые пользовались этим для произвольного повышения ренты. Под влиянием успехов товарного производства в XVI в. феодалы начали осуществлять коммутацию крестьянских повинностей, нередко при этом сгоняя с земельных участков прежних владельцев и передавая эти участки новым держателям за более высокую ренту. На севере шотландские короли в XVI в. начали превращать вождей кланов в лендлордов, создавая из них: своих вассалов, держателей земли от короны. Всё это усиливало гнёт феодалов в деревне. Крупные феодалы увеличивали свои доходы также междоусобными войнами и грабежами, пользуясь раздробленностью страны и слабостью королевской власти.
В XVI в. шотландский престол занимала династия Стюартов. Вследствие медленного и неравномерного развития экономических связей между областями страны процесс централизации в Шотландии в этот период ещё не закончился (отсутствовала даже единая денежная система). Крупные феодалы Южной Шотландии и вожди кланов в северной части страны сохраняли свою независимость, им подчинялось много вассалов из мелких феодалов-дворян; у крупных феодалов имелись сильные дружины и свои свиты, а в качестве сеньоров они удерживали под своей властью ряд городов, особенно на юге. Управление в городах Южной Шотландии находилось в руках купеческой олигархии, которая ревниво оберегала свои старинные привилегии, полученные от королей или от крупных феодалов. Буржуазные элементы в городах только начали зарождаться, кроме того, многие из горожан были более заинтересованы в развитии связей с другими странами и прежде всего с Англией, чем в объединения с отсталым севером Шотландии. В таких условиях Стюарты, не имея прочной опоры в городах, не могли сломить всесилие магнатов и часто сами становились орудием в руках той или иной феодальной клики, боровшейся за власть, особенно когда на троне сидели несовершеннолетние короли. В Англии не без основания сравнивали Шотландию в этом отношении с Польшей.
Экономически слабая, раздираемая внутренней борьбой Шотландия стала в XVI в. объектом захватнических устремлений Англии, а также Франции и Испании. Она была вовлечена в их борьбу, что привело в конечном счёте к потере ею независимости. Особенно активной в борьбе за Шотландию была Англия. Война с Англией в первой половине XVI в. велась с перерывами в течение ряда десятилетий. В 1542 г. шотландский король Яков V, потерпевший поражение в этой войне, умер. Шотландская корона перешла к его малолетней дочери Марии Стюарт, которую отправили во Францию и воспитали ярой католичкой. Шотландией в качестве регента стала управлять мать королевы — Мария Гиз, представительница могущественного во Франции рода Гизов. Для помощи в войне с англичанами на территорию Шотландии были введены французские войска, которым в 1551 г. удалось изгнать английскую армию из Шотландии. Но в результате этого Шотландия оказалась под властью французской короны: Мария стала женой французского короля Франциска II, которому были переданы все доходы шотландской короны в уплату долга за военную помощь против англичан, его войска оккупировали важнейшие крепости страны, а высшие должности в государстве заняла французская знать.
В это время в Шотландии усилилось движение за реформу церкви под знаменем кальвинизма. Кальвинизм получил здесь широкое распространение не только среди горожан, но и среди значительной части феодалов (особенно на юге), которые рассчитывали при помощи реформации завладеть всеми церковными богатствами и использовать пресвитерианский строй новой церкви для усиления своих позиций в борьбе против Стюартов, отдавших страну под власть католической Франции. Вождём и идеологом шотландской реформации был Джон Нокс (1505—1572), профессор богословия, священник англиканской церкви, который эмигрировал во время католической реакции из Англии и прожил несколько лет в Женеве. После своего возвращения в 1555 г. в Шотландию Нокс возглавил кальвинистов. Нокс обычно заканчивал свои проповеди перед народом словами: «Боже! Избави нас от тирании блудницы», имея в виду Марию Стюарт. Был создан союз кальвинистов — «Ковенант». Когда в стране начались народные выступления против католической церкви, кальвинисты открыли военные действия против французов. Им помогала оружием и деньгами только что вступившая на английский престол Елизавета; она рассчитывала с помощью кальвинистов не только подчинить себе Шотландию, но и избавиться от опасной для неё претендентки на английскую корону в лице Марии Стюарт. После прихода к власти Елизаветы и восстановления ею англиканской церкви папа и католические державы стали строить планы свержения её с престола и возведения на её место Марии Стюарт, которая, по их расчётам, должна была навсегда покончить с реформацией в Англии. В 1559 г. Мария и её муж приняли титул английских королей; в ответ на это Елизавета усилила помощь шотландским кальвинистам. В 1560 г. английский флот осадил шотландскую крепость Лейт. Шотландские кальвинисты одержали победу, и в Эдинбурге был подписан договор, по которому французские войска выводились из Шотландии, власть в стране переходила в руки совета из 12 представителей аристократии (5 из них назначались парламентом, а 7 — королевой), объявлялась свобода вероисповедания, Мария Стюарт и её муж должны были отказаться от своих прав на английскую корону. Шотландский парламент, воспользовавшись победой, ввёл в Шотландии пресвитерианскую церковь и произвёл секуляризацию церковных богатств, раздав большую их часть аристократии.
Мария, находясь во Франции, отказалась признать Эдинбургский договор. Гизы уже готовились к новой интервенции в Шотландию; однако смерть Франциска II лишила их влияния во Франции, и Марии пришлось возвратиться в своё королевство, где она вскоре для подкрепления своих претензий на английскую корону вышла замуж за Дарнлея, родственника Тюдоров. С возвращением Марии внутренняя борьба в Шотландии разгорелась с новой силой. Мария приблизила к себе католическую знать, преследовала кальвинистов, получала денежную помощь от папы и Гизов, установила секретные связи с католической знатью в Англии, тайно готовившей мятеж против Елизаветы. Со своей стороны Елизавета субсидировала борьбу шотландских кальвинистов, возглавляемых графом Мюрреем. В 1567 г. кальвинисты подняли восстание против Марии, обвинив её в связях с убийцами её мужа Дарнлея. Оказавшись в руках восставших, Мария была вынуждена отречься от престола в пользу своего малолетнего сына Якова VI. Вскоре ей удалось бежать, но королевские войска, посланные против восставших, потерпели поражение, и Мария была вынуждена покинуть страну. Елизавета, у которой Мария искала убежища, заключила её в замок.
Таким образом, в конце 60-х годов XVI в. в Шотландии у власти оказались проанглийские элементы из кальвинистов, регентом при Якове VI стал Мюррей, а сама Мария оказалась в плену у Елизаветы. «Лучшая политика — это сохранить нашу власть над королём Шотландии и его страной, удержать его в наибольшем повиновении и дружбе, вследствие чего его связи с другими державами не смогут принести нам вреда»,— заявлял один из активных деятелей правительства Елизаветы. В 1586 г., в условиях обострения англо-испанской борьбы, Елизавета закрепила английское влияние в Шотландии, заключив союз с Яковом VI. Яков обязался не поддерживать Испанию, не помогать шотландским и ирландским католикам, за что его обещали признать наследником английской короны.